Los primeros indicios de vida humana en el témino municipal de Jijona se remontan a la edad de bronce (2000-1300 aC.). La época ibérica marca la culminación de la ocupación del territorio en la edad antigua, de la cual hemos de resaltar los grandes poblados de Santa Bárbara y de la Solaneta de Nutxes.

La época paleoandalusí se caracteriza por la existencia de un poblamiento rural disperso, asentado en altura y en las proximidades de una importante vía de comunicación entre los acuíferos de Alecua y Nutxes, del que sólo se han encontrado sus enterramientos, en los yacimientos de l'Altet, Mas dels Constantins y Cotelles.

El actual emplazamiento de la ciudad se remonta a la época almohade, entre finales del siglo XII y comienzos del siglo XIII, siendo el núcleo originario el castillo. La primera mención documental de Xixona aparece en el Tratado de Almizra, donde se regula la frontera entre Castilla, Aragón y Jijona.

El 28 de abril de 1268 se le concedió el título de villa real y pasó a tener representantes en las Cortes del Reino de Valencia. En 1337 participó en las Cortes de Valencia convocadas por Pedro II, rey que se preocupó especialmente de fortificar su castillo en 1338, previendo una invasión musulmana que no se produjo.

En la guerra entre los dos pedros, cayó en 1364 en manos de Pedro I el Cruel, rey de Castilla, para ser de nuevo reconquistada por Pedro IV, el Ceremoniós, quien contó con la ayuda de gentes naturales de Penáguila, Alcoy y Concentaina, pasando a formar parte de nuevo de la Corona de Aragón.

Durante el siglo XV, Jijona amplió su jurisdicción mediante la adquisición a sus señores feudales de los lugares de Ibi y Torremanzanas. Ibi permaneció bajo la jurisdicción de Jijona desde 1420 hasta 1629, mientras que Torremanzanas lo hizo desde 1472 a 1794.

En la Guerra de Sucesión apoyó la causa de Felipe V. Debido a esto, la villa y el castillo fueron atacados por las tropas del Archiduque Carlos de Austria, que obligaron a rendirse a los sitiados en octubre de 1706. Finalmente la acción de un grupo de jijonencos la reconquistó y volvió a mano de felipistas. Por este hecho, Felipe V otorgó a Jijona a lo largo de 1708, una serie de privilegios, entre los que destacan: la concesión de añadir a sus Armas una "Flor de Lis" y el título de Ciudad. A partir de 1708 fue capital del Corregimiento del mismo nombre, el cual comprendía a la ciudad de Jijona y las villas de Castalla, Biar, Tibi, Ibi, Onil y Elche y los lugares de Torremanzanas, Salinas y Benejama. El Corregimeinto de Jijona fue suprimido definitivamente en 1833, con la división provincial.